Cómo determinar una estructura proteica por secuenciación de ADN

La determinación de la estructura multidimensional de una proteína a través de la secuenciación del ADN es también conocido como la estructura de la proteína de predicción y requiere la conversión de la secuencia de ADN de la proteína en su secuencia de aminoácidos . El proceso requiere una sólida comprensión de la célula y la biología molecular de proteínas, así como una profunda familiaridad con los métodos de la biología computacional , como la programación de UNIX . Además , se requerirá de una amplia formación en paquetes de software o códigos fuente utilizado en plegables predicción y secuencia analysis.Things que necesitará
Varios equipos que ejecutan diferentes sistemas operativos ( Unix, Windows , etc )
El acceso a la secuencia de proteínas bases de datos
Acceso a paquetes de software seleccionados o de los mencionados en el artículo de
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Obtener secuencias de ADN - existen muchas bases de datos que se han adquirido , anotada y montado el datos producidos por cientos de experimentos de secuenciación . Estos incluyen TREMBL y SWISS- PROT , que debe ser utilizado para obtener las secuencias de ADN ( en forma de un formato de datos de proteínas , o un archivo PDB
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Interrogar secuencias - Busque homología entre la proteína de paquetes de interés y otros con estructuras conocidas y validada experimentalmente . FASTA y software PSI- BLAST se pueden utilizar para esto. Comparar los diferentes parámetros generados por la comparación , por ejemplo, e-valores , que es un indicador de la significación estadística de este conjunto de datos .

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alineación estructural - Alinear la secuencia de la proteína de interés con varias otras proteínas usadas en el Paso 2 Desde estas otras proteínas ya estuviera demostrado experimentalmente que tienen ciertas características estructurales , por ejemplo, alfa- hélices o láminas beta , estos serán anotados dentro de sus secuencias y se pueden utilizar para identificar regiones idénticas o similares. determinar todas las estructuras secundarias presentes en la secuencia de interés y anotar estas regiones.
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Modelo construcción - un modelo de plantilla se construye mediante la superposición de las secuencias de la proteína validada experimentalmente y la proteína diana , utilizando la primera como una guía para indicar dónde se encuentran las características clave tales como dominios catalíticos u otros elementos estructurales importantes

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Identificar pliegues - Utilizar programas de biología computacional como Threader u otro software de modelado basado en UNIX , importar la secuencia anotada de interés y ejecutar el algoritmo plegable predicción. Estos programas asignan una puntuación a las predicciones para indicar que se pliega son los factores más precisos , que puedan producirse, estables , o de otro tipo .